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地中海及其周邊地區生活著大約 25,000 種陸生和水生植物。其中一半在地球其他地方找不到。 IUCN 紅色名錄對地中海的 473 種水生植物進行了研究。該組織確定，其中至少 15% 面臨滅絕的風險。除了受到威脅的本土植物外，地中海還引入了水生植物群。污染、海洋生物群落退化和入侵物種都對地中海水生植物產生影響。

水薄荷

水仙草，也稱為沼澤仙草（Hydrocotyle vulgaris），是一種在地中海發現的水生植物物種。雖然原產于北非和歐洲地區，但它并不是地中海地區的地方病，也不是唯一發現的。 5英寸寬的葉子，形狀像圓形盾牌，漂浮在水面上。水仙草開花時會開出不顯眼的白色花朵。它們在地中海生物群落中并沒有面臨危險。

白蓮花

白蓮花，也稱為埃及白睡蓮（Nymphaea Lotus），生長于地中海地區的死水中。原產于尼羅河，現已被引入地中海生物群落。花莖從漂浮的睡蓮葉上分出，高度可達 20 英寸。花朵呈白色、多瓣、星形。白蓮花在地中海地區瀕臨滅絕。

水葫蘆

水葫蘆（Eichornia crassipes）是地中海盆地的一種入侵物種，原產于南美洲。根據世界自然保護聯盟紅色名錄，地中海地區的水葫蘆數量每兩周就會增加一倍。這種植物的革質長葉漂浮在水面上，阻止陽光穿透，從而影響下面的生態系統。水葫蘆還會與本地水生植物競爭并干擾船只交通。該物種會開出艷麗的藍紫色花朵。六瓣花在莖的頂部形成細長的花叢或管。

海王星草

海王星草（Posidonia oceanica）目前僅在地中海和澳大利亞南部水域發現。它可能在 15 至 165 英尺的深度被發現。它的帶狀草葉沿著水平根莖慢慢生長，形成水下草甸。不幸的是，它正被一種引進的水生綠藻——花旗蕉嚴重擊敗。花旗蕉從加勒比地區引進，并很快在地中海地區大量繁殖。它的羽毛狀綠色葉片形成侵入性團塊。據水生和入侵植物中心稱，在其建立的地區，它每年能夠殺死 45% 的海王星草種群。